Exécutez un script R à partir de la ligne de commande

  1. Options Rscript
  2. Exécuter des expressions simples avec le paramètre -e dans Rscript

La façon la plus pratique d’exécuter des scripts R en ligne de commande est d’utiliser Rscript, un autre frontal pour exécuter le code R. Rscript est capable d’exécuter du code R à partir de différents interpréteurs de commandes, comme un script bash sous Linux ou une tâche du planificateur de tâches sous Windows.

Pour utiliser Rscript, vous devez exécuter la commande Rscript à partir d’une ligne de commande accompagnée du nom du script à exécuter, qui est généralement un fichier .r. Pour ce faire, vous devez connaître le chemin d’accès de l’exécutable Rscript et du script R. Sous Windows, le chemin d’accès à l’exécutable Rscript est généralement le suivant :

C:\Program Files\R\R-3.4.3\bin\Rscript.exe

Pour essayer Rscript, vous pouvez écrire le script suivant et l’enregistrer sous le nom SayHi.r dans le dossier C:\scripts :

SayHi <- function(name) {
  sprintf("Hi, %s", name);
}

SayHi("Dave")

Vous pouvez ensuite l’exécuter à partir de la ligne de commande en vous rendant dans le dossier où le fichier Rscript.exe est installé et en exécutant la commande suivante :

Rscript.exe c:\scripts\SayHi.r

Production :

[1] "Hi, Dave"

Options Rscript

Toutes les options de Rscript commencent par --. Vous pouvez utiliser Rscript avec l’option --help pour obtenir des instructions détaillées sur la façon d’utiliser la commande, tandis que le paramètre --version indique la version de Rscript. Si vous voulez avoir un retour sur ce que fait Rscript lors de l’exécution de votre script, vous pouvez utiliser l’option --verbose.

L’option --default-packages=list (où list est une liste de noms de paquets séparés par des virgules) détermine les paquets chargés au démarrage en définissant la variable d’environnement R_DEFAULT_PACKAGES. Si l’option --default-packages=list n’est pas utilisée, Rscript vérifie une variable d’environnement appelée R_SCRIPT_DEFAULT_PACKAGES. Le contenu de cette variable a priorité sur R_DEFAULT_PACKAGES.

Exécuter des expressions simples avec le paramètre -e dans Rscript

Au lieu de spécifier un fichier script à exécuter, si vous voulez exécuter des expressions simples dans R, vous pouvez le faire en les spécifiant dans la même ligne de commande que la commande Rscript, en utilisant le paramètre -e. Par exemple, si vous voulez lister les 4 premières lignes de l’ensemble de données Iris sans créer de fichier script, vous pouvez exécuter ce qui suit à partir de la ligne de commande :

Rscript -e "head(iris,4)"

Output :

 Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa

Pour plus d’informations sur la commande Rscript, consultez la documentation Rscript officielle.